Multivariat modellering

Multivariat modellering av trapezius muskel proteiner relaterade till myalgi

I det här projektet, som är ett samarbete med Linköpings universitet, undersöks vad i trapeziusmuskeln som kan skilja sig mellan friska och smärtande muskler. För att göra det används muskelbiopsier från både friska och patienter med trapeziusmyalgi, och de analyseras för hundratals olika proteiner. Hur mycket av olika proteiner som finns i respektive muskel används för att göra matematiska modeller över hur alla proteiner hänger ihop med varandra i frisk respektive smärtande muskel.

Flera hypoteser kring uppkomst av belastningsskador bygger på att det sker produktion av olika kemiska ämnen i musklerna vid ihållande muskelaktiveringar. Vilka dessa ämnen är har testats i flera studier, men ingen har på ett övertygande sätt visat vilka ämnen som är av betydelse och forskningen står fortfarande på ett läge med ett antal olika hypoteser.

I det här projektet undersöks muskelbiopsier från både friska personer och från patienter med trapeziusmyalgi med avseende på proteinsammansättningen. Proteiner från biopsierna separeras på geler, först efter isoelektrisk punkt och därefter molekylvikt enligt (2-DIGE, Two dimensional gel electrophoresis). Innan proteinerna körs på en gemensam gel märks respektive grupp in med olika fluorescerande färger (Cy-färger). Intensiteten hos respektive färg mäts och ger ett förhållande mellan de två grupperna. Som standard används en blandning av de två proverna som färgas in med ytterligare en Cy-färg. Proteinerna plockas ur gelerna och analyseras främst med masspectrometer, (MALDI-TOF-MS).

Utifrån förekomsten av olika proteiner byggs multivariata modeller för att undersöka hur olika proteiner korrelerar och samvarierar med varandra.

Ansvarig

Fredrik Hellström

Samarbetspartners

Prof Fatima Pedros-Domellöf Anatomi, Inst för Integrativ medicinsk biologi, Umeå Universitet
Christer Malm, Idrottsmedicin, Inst för perioperativ vetenskap, Umeå Universitet
Björn Gerdle, Britt Larsson, Bijar Gahfuri alla Linköpings universitet

Forskare vid CBF

Jenny Hadrevi