Cronhjort disputerade 1995 i teoretisk fysik vid Kungliga Tekniska högskolan (KTH) med avhandlingen Models and computer simulations of origins of life and evolution. Forskningen hade en tvärvetenskaplig karaktär i gränsområdet mellan fysik, matematik, kemi och biologi. Under doktorandtiden väcktes intresset för frågor som handlade om undervisning och lärande, och Cronhjort tog 1998 examen som gymnasielärare i matematik och fysik.

Forskningen har sedan 2012 haft ett praktiknära fokus inom områdena matematikdidaktik och högskolepedagogik. Ett tydligt tema är kvantitativa och kvalitativa effektstudier av interventioner i högskolans matematikundervisning. Cronhjort var under perioden 2014-2019 programansvarig vid KTH för utbildningen Civilingenjör och lärare och genomförde även studier om kombinerad civilingenjörs- och ämneslärarutbildning, särskilt med fokus på hur alumner ser på sin utbildning och sin roll och framgång på arbetsmarknaden, både som lärare och som civilingenjörer. Sedan 2020 är Cronhjort lektor i matematikdidaktik vid Högskolan i Gävle. Nuvarande forskningsintressen är lärarutbildning, lärares kollegiala lärande, lärares professionella kunskap, och hur erfarenheter och metoder från andra länder kan tillämpas i Sverige.

Cronhjort har 2015-2021 varit sekreterare i Svenska kommittén för matematikutbildning, SKM, som är en underorganisation till Nationalkommittén för matematik vid Kungl. vetenskapsakademien, och är sedan 2022 avdelningschef för Avdelningen för elektroteknik, matematik och naturvetenskap vid Akademin för teknik och miljö.