Annika intresserar sig för hållbar stadsutveckling, ljusföroreningar och påverkan av ljusföroreningar på arter och ekosystem. Med ljusföroreningar menar man de skadliga effekter som uppstår från belysningen med påverkan på ekosystem och arter, men även sämre möjligheter att skåda stjärnhimlen. Ljusföroreningar är ett område som börjar bli mer och mer uppmärksammat i forskningen och i samhället då forskningen visar att utomhusbelysning kan påverka arter och människor på olika negativa sätt. Annika intresserar sig även för miljöeffekter av transporter och transportinfrastruktur som hon har en lång forskningserfarenhet av. Annika forskar även inom hållbarhet och har bland annat tagit fram ett hållbarhetsramverk för utomhusbelysning och studerat energieffektivitet ur ett hållbarhetsperspektiv. Trafiksäkerhet är också en fråga Annika forskat om och är intresserad av, främst viltolyckor och effekter av ljus.
Annika Jägerbrand ägnar sig åt standardisering och är med i flera tekniska kommittéer och arbetsgrupper internationellt och i Europa där hon bidrar med unik expertis om ekologisk påverkan av utomhusbelysning. Annika Jägerbrand är ordförande och leder arbetet i CIE TC4-61 Artificial lighting and its impact on the natural environment.