Lena Aggestams forskning fokuserar på Knowledge Management (KM) och informationslogistik. Kunskap och lärande är avgörande för framgångsrikt utvecklingsarbete och effektiv KM och informationslogistik förutsätter någon form av IT-stöd. Digitalisering och AI ger enorma möjligheter, men tekniken ensamt löser ingenting. Hela informationssystemet, IT (hård- och mjukvara), data/information och människor/processer, måste utvecklas i synergi.

Lena har också ett särskilt intresse för hur verksamhetsutveckling med stöd av IT ska designas och genomföras för att bli framgångsrikt och hållbart över tid. Forskningsområdet är komplext och en holistisk ansats baserad på systemtänkande används. Ett centralt angreppssätt i hennes forskning är att prospektivt använda Critical Success Factors (CSFs). En stor del av Lenas forskning har bedrivits inom hälso- och sjukvården.