Cronhjort disputerade 1995 i teoretisk fysik vid Kungliga Tekniska högskolan (KTH) med avhandlingen Models and computer simulations of origins of life and evolution. Forskningen hade en tvärvetenskaplig karaktär i gränsområdet mellan fysik, matematik, kemi och biologi. Under doktorandtiden väcktes intresset för frågor som handlade om undervisning och lärande, och Cronhjort tog 1998 examen som gymnasielärare i matematik och fysik.