Lena O Magnusson har kursansvar och undervisar i ateljé - och bildpedagogik i fristående kurser, samt i estetiska kurser inom lärarprogram vid Akademin för utbildning och ekonomi (AUE). Hon är också examinator på ett flertal kurser samt handleder på kandidat-, master- och doktorandnivå. Magnusson har också kursansvar och undervisar på kurser inom forskarutbildningen i didaktik, också den vid AUE.